La flora del Parco per l'estrema diversificazione del paesaggio, la varietà della natura dei suoli, il favorevole bilancio termopluviometrico, la morfologia e l'orientamento dei rilievi è particolarmente ricca di specie, soprattutto nel settore esterno sud-occidentale interessato solo parzialmente dal glacialismo quaternario. L'elevata piovosità dell'area, combinata alla alta franosità delle rocce calcareo-dolomitiche, determina un forte abbassamento (oltre 400 m) dei limiti altimetrici della vegetazione, della flora nonché della fauna. L'influsso dei venti caldi ed umidi che spirano, attraverso la Pianura Friulana dal vicino mare Adriatico permettono la sopravvivenza di numerosi elementi termofili mediterranei ed illirico-balcanici, come Frangula rupestris,

Asparagus acutifolius, Ruscus aculeatus, Satureja variegata, Micromeria thymifolia, Cotinus coggygria , Campanula pyramidalis, Genista sericea, Cytisus pseudoprocumbens, Plantago argentea, Athamanta turbith, che si affermano nei settori basali e/o esterni dei rilievi ed altri che si spingono anche nei settori più interni come Grafia golaka, Molopospermum peloponnesiacum, Ligusticum lucidum seguieri, Peucedanum schottii, Adenophora liliifolia, Lilium carniolicum, Campanula cespitosa Knautia drymeia, Pedicularis hoermanniana, Homogyne sylvestris, Euphorbia carnolica e Astrantia carniolica.

Sul M. Plauris si riscontra la più alta concentrazione di fitoendemiti dell'intera regione, in particolare di quelli di tipo «julico» in senso stretto come Saxifraga tenella, Campanula zoysii, Gentiana froelichii, Ranunculus traunfellneri, Pedicularis julica, Festuca calva e Cerastium subtriflorum o ad areale più ampio come Spiraea decumbens, Festuca laxa, Centaurea haynaldii julica, C. dichroantha, Senecio pseudocrispus, Knautia ressmannii, Euphorbia triflora kerneri, Bupleurum canalense oltre a specie significative come Artemisía nitida, Eryngium alpinum, Geranium argenteum, Astragalus carniolicus albiflorus, Matthiola carnica, Viola pinnata, Polygala nicaeensis foroiulensis, Iris cengialti, Arabis vochinensis, Asplenium fissum, Gentianella pilosa e Physoplexis comosa.

Nelle catene più interne, come sul gruppo del M. Canin, prevalgono invece elementi «endoalpici» o articoalpini come Trifolium noricum, Loiseleuria procumbens, Saxifraga stellaris, Lloydia serotina, Astragalus australis, endemiti delle Alpi sud-orientali come Alyssum ovirense, Saussurea pygmaea, Gentiana pumila, Anemone baldense, Phyteuma sieberi, Juncus jacquinii, Valeriana supina, Crepis kerneri e il Papaver julicum, endemico che qui coabita con il P. rhaeticum. Tra le altre specie interessanti si ricordano pure Thlaspi kerneri (M. Zaiavor), Saxifraga petraea (Val Uccea), S. burserana, S. squarrosa, S. incrustata e Asplenium seelosii.